La vida de Peter Parker del nuevo Universo Ultimate sigue avanzando mientras aún está intentando acostumbrarse a ser Spider-Man. En el número anterior ya vimos cómo se enfrentaba a su primer villano y sobre todo cómo le contaba a su hija su identidad secreta.
Ojo que a partir de aquí habrá SPOILERS
El tercer número de Ultimate Spider-Man arranca con Peter y su hija May buscando un diseño para el traje de Spider-Man. Comienzan haciendo una serie de pruebas pero no le convence ninguno al principio. Finalmente llegan a elegir un diseño. Este diseño es el clásico de Spider-Man con los colores rojo y azul.
En otra parte, JJ Jameson y el tío Ben están en sus nuevas oficinas. El sitio parece algo ruinoso, pero de mometo deberá valerles. Entonces llega Peter y ve un mapa con multitud de puntos marcados. Este mapa son los lugares donde el llamado Duende Verde ha atacado las bases de Wilson Fisk. El nuevo dueño del Daily Bugle no quiere que se investigue sobre eso, pero tanto el tío Ben como JJ van a ahondar en el tema.
Días más tarde, Peter está vigilando una obra de Fisk y cuando cree que no va a pasar nada escucha una pelea. En ella se están enfrentando el Duende Verde y Bullseye. Parece que este último va ganando y además le dice al Duende Verde que no le envía Fisk sino los que verdaderamente controlan el mundo.
En un determinado momento, Spider-Man interviene en favor del Duende Verde con el que forma equipo para derrotar al asesino. Juntos logran derrotarlo y desarmarlo.
Tras derrotar al villano se produce una conversación entre los dos en la que el Duende Verde mediante la tecnología de su traje logra manejar la del traje de Peter quedando su cara e identidad expuesta. Sin embargo, el Duende Verde también revela la suya, es Harry Osborn.
El cómic acaba con ambos mirándose fijamente pero con Harry invitando a Peter a tomarse unas cervezas.
